Ihren Ursprung hat die Guggenmusik im 16. Jahrhundert, als Mann zur Karnevalszeit mit Rasseln, Blecheimern, Trommeln, Kuhglocken oder Pfeifen umherzog. Die Musik sollte schräg sein, laut und jämmerlich. Damals wurden schon Masken und Kostüme verwendet: Tücher und alte Lumpen sowie eine Menge Fantasie nahm man, um sich zu verkleiden und die Geister zu verschrecken.

Der Begriff leitet sich vermutlich von „Gugge“ her, was im Alemannischen für Tüte steht. Eine „Guggemusik“ bezeichnet somit eine Gruppe von Leuten, die zusammen musiziert, während sie einfache Masken – damals Tüten, welche in Basel und Umgebung ebenfalls Guggen heißen – trugen.

Als im Jahre 1874 erstmals eine Blaskapelle zum Morgestraich in Basel mitmarschierte, wurden zunächst heftige Proteste laut, zehn Jahre später wurde es aber polizeilich erlaubt. Der Begriff „Guggenmusik“ ist erstmals an der Basler Fasnacht von 1906 belegt.